История Prototype 2 продолжается после событий оригинала, когда протагонист Алекс Мерцер решил своим внутренние проблемы и возглавил армию мутантов. Новый герой - чернокожий военный Джеймс Хеллер, получает в дар от Мерцера все тот же супервирус и теперь пытается остановить нового союзника, а заодно отомстить за смерть своей семьи. Впрочем, искать логику в сюжете Prototype 2 точно не стоит. По ходу развития истории герои совершают странные поступки, принимая идиотские решения и изображая некое подобие драмы на фоне разрушаемого военными, зомби и мутантами Нью-Йорка.
Как уже отмечалось выше, Джеймс Хеллер, превратившись в супермутанта, пытается остановить Мерцера, корпорацию GenTek, виновную в создании вируса и специальное военное подразделение по борьбе с зараженными – Blackwatch. Каждое сюжетное направление означает одну из миссий на карте свободного города, которую можно выбрать в свободном порядке. Впрочем, механика действий Хеллера всегда одинакова: Хеллер находит офицера или ученного, обладающего соответствующими знаниями, поглощает его и начинает сюжетное задание. В большей части миссий ему предстоит просто проникнуть на территорию базы, в других уничтожить конвой, в третьих, притворившись одним из солдат, защитить объект или провести грузовики через зараженную зону. Впрочем, повторяясь из раза в раз, это блюдо быстро приедается.
По ходу выполнения заданий игрок может победить военных и мутантов со специальным значком над головой, которые после поглощения улучшат одно из умений или откроют новое задание в сети Blacknet. Последние относятся к побочным заданиям, где за выполнение можно получить одну из специальных способностей, улучшающих прыгучесть, силу или броню Хеллера. Кроме призовых умений разбросанных по отмеченным на карте миссиям, герой может получать способности за уничтожение исследовательских групп ученых, логов мутантов и сбор черных ящиков. Более того, выполнение любого задания приносит Хеллеру очки опыта, которые можно истратить на одно из базовых умений, включая регенерацию, устойчивость формы, силу специальных способностей, прыжки в воздухе или скорость перемещения. Вродебы ролевое разнообразие в борьбе со врагом, но к концу игры Хеллер становится окончательно неуязвимым, благодаря огромной линейке здоровья, быстрой регенерации и возможности быстро восстанавливать здоровье за счет случайных прохожих и зомби.
На специальных способностях чернокожего мстителя стоит остановиться отдельно. Хеллер способен призывать группу мутантов, превращать случайных людей и монстров в живую бомбу, вызывать биоземлетрясение, использовать хлыст для подтягивания врагов или уничтожения вертолетов, пробивать гигантскими кулаками ограждения, планировать в воздухе, бегать по стенам небоскребов, поглощать врагов в стелс-режиме, резать гигантскими лезвиями, отбивать ракеты щитами, бросаться автомобилями и биомассой. Все эти феерические возможности приедаются в первый час игры, а постоянно тупящий искусственный интеллект (в большинстве случаев солдаты не реагируют на ваше неадекватное поведение) и отсутствие интересных целей превращают Prototype 2 в унылый и бессмысленный боевик который можно забыть через неделю после полного прохождения игры.
Prototype 2 – это слабая попытка пересмотреть концепцию оригинала, утонувшая в однообразии, бессмысленном сюжете, тупых диалогах, плоских персонажах, унылом главном герое и отсутствии мотивации для дальнейшего прохождения игры. Все, что может предложить Prototype – это черно-белые вставки, интересную, но бесполезную механику и диалоги в стиле «Fuck, fuck, fuck, fuck, fuck. What the fuck was that shit. Fuck, we’re definitely fucked!» И даже не хочется думать, как это звучит в русской версии игры. Все остальное не спасут даже десять бесплатных DLC и карта голда в подарок.
