Основная статья: Теории заговора относительно событий 11 сентября 2001 года

Вторая часть документального фильма «Дух времени» утверждает, что события 11 сентября 2001 года были спланированы правительством США, чтобы возбудить массовое возмущение для оправдания войн в Афганистане и Ираке и иметь повод урезать гражданские свободы американского населения под предлогом борьбы с глобальным терроризмом. «Дух времени» рассматривает версию о том, что данный теракт был подстроен. Что девятнадцать арабов (девять из которых живы до сих пор) под руководством Бен Ладена не могли организовать самый продуманный теракт в истории человечества. Что крушение Всемирного торгового центра было подготовлено: центральные колонны ВТЦ заранее были снаряжены закладками термитной смеси, которые после удара самолётов подорвали дистанционно, что привело к полному и быстрому обрушению зданий и это подтверждается многими признаками и свидетельствами. Также фильм утверждает и приводит доказательства, что официальная версия про врезавшийся в Пентагон самолёт не соответствует действительности, а власти США скрывают эти факты.